اين تاثير گذارى از طرف استاد و همچنين تاثير پذيرى از طرف دانشجو ، به حدى پيش مى رود كه دانشجو همه آنچه را كه پس از سالها ممارست و تحقيق و تلاش در حوزه هاى علميه و مراكز علمى به دست مى آورد را مديون استاد خود مىداند و در اين باره مى گويد « ما هرچه داريم از مرحوم قاضى داريم » . در ميان اين تاثيرات ، تاثير گذارى در دو حوزه اخلاق و عرفان همچون طهارت قلب و تزكيه و تهذيب نفس بيشتر خود را نشان مىدهد و وجوه ديگر شخصيت علمى علامه را تحت تاثير قرار مىدهد . اين تاثيرات به نحوى مطلوب در تفسير الميزان انعكاس يافته است كه حكايت از حضور باطنى و عرفانى و اخلاقى و علمى سيد على آقا قاضى در تفسير الميزان دارد . چنان كه در ذيل برخى آيات به طور مشخص ، حرف از تقوا و مراتب آن و مقامات معنوى ، تجرد نفس و مباحث عرفانى و نفسانى ، تهذيب اخلاق و تهذيب نفس ، فضائل و رذائل اخلاقى ، طهارت و وجوه آن ، مراقبت از نفس و سلوك الى الحق و عرفان و معرفت و ادراك ، زده مىشود .